هوموس ماده ای تیره و آلی است که در هنگام پوسیدگی مواد گیاهی و حیوانی در خاک تشکیل می شود. هنگامی که گیاهان برگ ها، شاخه ها و سایر مواد را روی زمین می ریزند، انباشته می شوند. به این ماده بستر برگ می گویند. هنگامی که حیوانات می میرند، بقایای آنها به بستر اضافه می شود. با گذشت زمان، همه این زباله ها تجزیه می شوند. این بدان معنی است که تجزیه می شود یا به اساسی ترین عناصر شیمیایی خود تجزیه می شود. بسیاری از این مواد شیمیایی، مواد مغذی مهمی برای خاک و موجوداتی هستند که برای زندگی به خاک وابسته هستند، مانند گیاهان. ماده غلیظ قهوه ای یا سیاهی که پس از تجزیه بیشتر بستر آلی باقی می ماند هوموس نامیده می شود. کرم های خاکی اغلب به ترکیب هوموس با مواد معدنی در خاک کمک می کنند.
هوموس از مواد غیر هیومیکی مانند کربوهیدرات ها (بخش بزرگی از کربن خاک)، چربی، واکس، آلکان، پپتیدها، آمینواسیدها، پروتیین ها، لیپیدها و اسید ارگانیک تفکیک می شود به دلیل اینکه فرمول شیمیایی مشخص برای مواد غیر هیومیکی می توان نوشت. اکثر مولکول های کوچک مواد غیر هیومیکی سریعا توسط میکروارگانیسم های خاک تجزیه می شوند. بر خلاف مواد غیر هیومیکی، هوموس خاک تحت شرایط طبیعی خاک به کندی تجزیه می شود. زمانی که هوموس خاک در ترکیب با مواد معدنی خاک باشد می تواند در خاک برای چندین سال بماند هوموس جز اصلی ماده آلی خاک می باشد که 65 تا 75 درصد از کل ماده آلی خاک را تشکیل می دهد. هوموس نقش مهمی در حاصلخیزی تمام خاک ها ایفا می کند.
هوموس در نتیجه تعامل پیچیده بین تبدیل های معدنی و موجودات آلی مانند میکروب ها، نماتدها و کرم های خاکی شکل می گیرد. تشکیل هوموس در دو مرحله انجام می شود. ابتدا مواد آلی و مواد معدنی موجود در خاک متلاشی می شوند. در مرحله بعد، ترکیبات کاملاً جدیدی از این محصولات شکسته ایجاد می شود. این منجر به مراحل اولیه هوموس می شود. تشکیل هوموس یک فرآیند بیولوژیکی است. فقط 4-12 اینچ (10-30 سانتی متر) خاک حاوی هوموس در پوسته بالایی زمین موجود است. این لایه نازک زمین تنها چیزی است که برای تامین غذای تمام زندگی انسان وجود دارد. سرنوشت بشر به این 12 اینچ بستگی دارد!
خاک های کشت شده با محتوای 2 درصد هوموس امروزه به عنوان زمین های زراعی باکیفیت محسوب می شوند. چه چیزی 98 درصد باقی مانده را تشکیل می دهد؟
بسته به نوع خاک، موجودات زنده حدود 8 درصد، بقایای گیاهان و حیوانات حدود 5 درصد و هوا و آب حدود 15 درصد سهم دارند. بنابراین 70 درصد دیگر از توده خاک منشأ صرفاً معدنی دارد. بخش معدنی خاک از تجزیه و فرسایش سنگ حاصل می شود. انحلال این اجزا توسط موجوداتی به نام لیتوبیونت انجام می شود که واسطه بین سنگ و زندگی هستند. رائول اچ فرانسه اصطلاح "lithobiont" را ابداع کرد که به معنای "کسانی که روی سنگ زندگی می کنند" است. لیتوبیونت ها گروهی از میکروب ها هستند که شروع به تشکیل هوموس می کنند. آنها از ماده معدنی غیر زنده ماده حیات بخش تولید می کنند. بر اساس این فرآیند، ماده زنده، زمین، گیاهان، حیوانات و انسان ها می توانند قدم به قدم شروع به ساختن کنند.
فقط خاکهایی با شیب ساختاری مطلوب دارای محتوای هوموس 8-10 درصد هستند. خاک های دست نخورده در جنگل های اولیه در بهترین حالت به 20 درصد می رسد. یک جنگل استوایی نمی تواند تمام زباله های آلی خود را مصرف کند، بنابراین می تواند هوموس را ذخیره کند. همه جنگل ها هوموس را انباشته می کنند، اما ذخایر هوموس واقعی تنها در طول هزاره ها ظاهر می شوند. روزی روزگاری، انباشته های هوموس معروف به چرنوزم (به روسی زمین سیاه) در اوکراین یافت می شد. تقریباً همه جوامع گیاهی (به جز گیاهان حبوبات و جنگل های دست نخورده) بیش از آنچه که می توانند تولید کنند، هوموس مصرف می کنند. به بیان دقیق، هر برداشت و هر رشد گیاهان کشت شده با از دست دادن هوموس همراه است. هوموس از دست رفته را نمی توان با هیچ نوع کود معدنی جایگزین کرد. هم جنگل های برگریز و هم جنگل های مختلط می توانند هوموس خود را تهیه کنند زیرا می توانند از برگ های دور ریخته شده خود استفاده کنند. حتی در طبیعت، بدون تأثیر انسان، هوموس فقط در جنگل های برگریز و در زمین های دست نخورده تولید می شود.
هوموس به جای متابولیسم حیوانی به طور مطلوبی به سمت متابولیسم سبزیجات است. به همین دلیل است که کود دامی با نسبت زیاد فضولات حیوانی نمی تواند از تشکیل طبیعی هوموس پشتیبانی کند. کود قبل از اینکه بتوان از آن برای کوددهی استفاده کرد باید به هوموس تبدیل شود. میکروب های ساکن در خاک نسبت به تجزیه سلولز خالص تمایل بیشتری نسبت به تجزیه فضولات حیوانات دارند که روده ها را در حالت بی هوازی قرار می دهد. این واقعیت متأسفانه توسط نسل های قبلی به رسمیت شناخته نشد. کود به جای اینکه در معرض تجزیه هوازی قرار گیرد، به سادگی در مزرعه دفن شد. هنگامی که به این روش به خاک وارد می شود، مواد بی هوازی پوسیده برای مدت طولانی به عنوان یک عنصر بیگانه باقی می ماند. کود توسط میکروب های پوسیدگی خاص تجزیه می شود، در حالی که میکروب های ذاتی خاک - که در شرایط هوازی زندگی می کنند - بیرون رانده می شوند.
این سوال که آیا میکروب های بی هوازی یا هوازی غالب هستند و بنابراین پوسیدگی یا تجزیه رخ می دهد یا خیر، برای سلامتی گیاهان بسیار مهم است. مثال زیر نشان می دهد که در هنگام استفاده از کود چقدر هوموس تولید می شود: اگر دوز 400 کوینتال (تقریباً 88000 پوند) کود پایدار به هر هکتار خاک (در خاک های سبک) استفاده شود، پس از نیم سال، نیمی از مقدار مصرف می شود. کود را می توان یافت؛ بعد از یک سال، فقط یک پنجم؛ و بعد از دو سال عملاً چیزی از کود دامی باقی نمی ماند. مواد آلی در خاک به سرعت مصرف و جذب می شود. سپس بدون تولید هوموس معدنی می شود. کشت کود معمولی در آلمان در 200 سال گذشته انجام شده است. اگر کشت کود دامی موثر بود، خاک آلمان از نظر هوموس بسیار غنی بود. اما این مورد نیست. کود فقط بقایای موادی است که به عنوان غذای حیوان مورد استفاده قرار می گیرد. تمام پروتئینهای بسیار مغذی، کربوهیدراتها، چربیها و غیره که توسط گیاه تولید میشد از خاک حذف شدهاند و آنچه باقی میماند از نظر مواد مغذی ضعیف است.با وجود این کاستی ها، رسم کودپاشی همچنان به طور گسترده رواج دارد.